第５号地区殺人事件解決から１ヵ月――。 橘ひかり（真木よう子）と石川透（増田貴久）が、新たな事件に立ち向かう！本郷雫（伊勢谷友介）の襲撃で意識不明の重体となった透。 ひかりは透の身を案じ足繁く病院に通うが、透は兄貴・樋口（唐沢寿明）への裏切りや犯した罪に苦しみ、病室で暗い日々を過ごしていた。 そんなある日、緊急指令室に病院立てこもり事件の通報が入る。 その現場は、なんと透が入院している病院だった。ひかりは透に捜査協力を要請するが、透は「俺には、そんな資格ないです」と踏み出せない。 しかし「資格なんて関係ない！」そう強く叫ぶひかりの声に背中を押され、事件解決に立ち上がる。だが、ただの病院立てこもりだと思われたその事件には、意外な裏があった…。 ３つの事件が絡まり合い、事件は予想外の結末を迎える！
